Même si l'utilisation de vanilline synthétique est plus pratique et moins onéreuse que la vanilline naturelle, elle présente quelques risques.

Si la production de vanille diminue, la cultures diminuent tout autant et les personnes qui la cultivent se mettent à cultiver autre chose, seulement pour leur survie.

Peu à peu, la vanille se cultivant moins, différentes espèces vont être amenées à disparaître. L'écosystème des régions principale de culture (Madagascar, la Réunion, ...) va peu à peu être perturbé.

Cependant la culture naturelle présente elle aussi des risques. Ces risques sont principalement pour la santé des consommateurs. 

En effet l'utilisation de pesticides et d'insecticide trop abusive finit par "contaminer" la vanille, ce qui va présenter des risques lors de sa consommation